Deine Fragestellung umfasst verschiedene Themenbereiche, deshalb meine Antwort darauf aufgeteilt:
Mitteilung an den Arbeitgeber (AG)
Als Arbeitnehmerin bist Du Deinem AG gegenüber zur Treue und Sorgfalt im Rahmen Deines Arbeitsverhältnisses verpflichtet. Deshalb hast Du ihm Deine Verhinderung der Arbeitsleistung wegen der RS unverzüglich zu melden. Sobald Du also weisst, dass Du nicht arbeiten kannst, musst Du das dem AG melden.
Kündigungsfrist
Es ist korrekt, dass das Arbeitsverhältnis durch den AG 4 Wochen vor der RS nicht gekündigt werden darf. Allerdings kommt noch hinzu, dass der AG auch nicht kündigen darf, wenn er das nachweislich wegen der Militärdienstleistung tut. Konkret darf der AG also ab dem Zeitpunkt der Bekanntgabe der Dienstleistung nicht mehr kündigen, ausser er hat sehr gute Gründe (ungenügende Leistung des Arbeitnehmers (AN), Umstrukturierung im Betrieb o.ä.). Falls der AG trotzdem kündigt, kann der AN bei Gericht auf Entschädigung wegen missbräuchlicher Kündigung klagen. Die Kündigung bleibt dann allerdings gültig, die Kündigungsfrist wird aber unter Umständen noch verlängert. Die ganze Thematik ist einigermassen komplex und muss immer im Einzelfall betrachtet werden.
Lohn während weitermachen
Falls Du weitermachen würdest, muss Dir der AG keinen Lohn mehr bezahlen. Allerdings erhältst Du dann EO, die vom Lohn vor der RS abhängig ist. Während der RS bekommst Du sowieso nur die minimal-EO, die jeder Rekrut bekommt. Unabhängig davon, ob Du angestellt warst/bist oder nicht.
Während dem Weitermachen bekommst Du dann die höhere EO. Dies aber unabhängig davon, ob Du angestellt bist oder nicht. Relevant dafür ist nämlich Dein Durchschnittseinkommen während den letzten 12 Monaten vor der Militärdienstleistung. Wenn Du also in den 12 Monaten vorher Lohn verdient hast, wird dieser Durchschnitt herangezogen - egal ob arbeitslos oder angestellt!
Meine Empfehlung
Ich empfehle Dir, unbedingt sofort mit Deinem AG zu sprechen und beim Gespräch auch die Dienstanzeige oder den Marschbefehl in Kopie für das Personalbüro abzugeben. Ausserdem würde ich dem AG auch Deine Motivation dazu erläutern, z.B. dass es Dir darum geht, eine neue Herausforderung anzunehmen und als Person reifer zu werden und dass Du dann überzeugt bist, dass Du dadurch auch nachher eine bessere Mitarbeiterin sein wirst. Einfach auch für ihn die positiven Seiten aufzeigen und dass Du Dich freuen würdest, wenn Du nachher wieder für ihn arbeiten könntest usw.
Abschliessend gratuliere ich Dir zu Deinem Entscheid, die RS zu machen! Du wirst viel profitieren können, obwohl es hart und anspruchsvoll werden wird. Ich wünsche Dir viel Erfolg!